A configuração você pode fazer nos arquivos de configuração das suas roles como na figura anexa, no mais para 'setar' a sua configuração vc precisa levar em consideração as Quotas (reveja o post http://azureservicesbr.ning.com/profiles/blogs/entendendo-uma-subsc... ) referentes à sua subscription para saber qual e quantas instancias de determinada VM você utilizará.
Quanto ao substituir na sua aplicação, basicamente vcê possui duas formas de fazê-la uma chamamos de in-place, onde você tira todas as suas vms de produção e sobem as novas, e também é possível utilizar o método de SWAP onde vc sobr sua aplicação para o modo 'Staging' e após isso pode mudá-la para produção.
Ainda temos algumas opções de modificarmos nossos arquivos de configuração utilizando o botão "Configure", para isto basta selecionar a role que está em produção ou staging e acessar as opções.